A Gestão Superior da UEA é composta pelo reitor (a), vice-reitor (a), pró-reitor (a) de Administração, pró-reitor (a) de Ensino de Graduação, pró-reitor (a) de Pesquisa e Pós-Graduação, pró-reitor (a) de Planejamento, pró-reitor de Interiorização e pró-reitor (a) de Extensão e Assuntos Comunitários.

De quatro em quatro anos, por meio de eleição direta, acontece a escolha do (a) reitor (a) e vice-reitor (a) pela comunidade acadêmica da universidade. Podem participar da votação alunos, professores e servidores técnico-administrativos que trabalham em qualquer unidade da instituição em Manaus ou em um dos 61 municípios do interior do Amazonas.

A eleição direta para reitor (a) e vice-reitor (a) na UEA foi realizada pela primeira vez em 20 de março de 2014. Antes disso, os Reitores que estiveram à frente da Gestão Superior da instituição foram pessoas indicadas pelo Governador do Amazonas.

Os outros membros da Gestão Superior são definidos pelo reitor (a) e vice-reitor (a).